Departamento de pesquisa, que tem as atribuições de gerar e transferir conhecimentos científicos e tecnológicos com foco nas demandas das cadeias de produção e nas prioridades institucionais nas áreas de conhecimento de seu campo de atuação, funcionando, ainda, como postos avançados de experimentação, manutenção de bancos de germoplasmas, produção de insumos estratégicos e prestação de serviços especializados.
A APTA Regional, sediada em Campinas, tem a seguinte estrutura:
I – Diretor Técnico de Departamento
a. Assistência Técnica
b. Comitê Técnico-científico
c. Comissão de Biossegurança
d. Comissão de Integridade Científica
e. Comissão de ética no uso de animais
f. Núcleo de Comunicação Científica
g. Núcleo de Gestão da Qualidade
II – Centro de Gestão de Pesquisa
a. Núcleo de Treinamento de Capacitação
b. Escritório de Apoio Institucional ao Pesquisador
c. Escritório de Apoio à Gestão de Dados
d. 18 (dezoito) Unidades Regionais de Pesquisa de Desenvolvimento, subordinadas a elas 18 (dezoito) Equipes Operacionais e (Chefe de Seção)
Centro de Gestão e Apoio da Pesquisa
Centro de Atividades Administrativas
18 Unidades Regionais de Pesquisa de Desenvolvimento:
- sediado em Pariquera-Açu;
- sediado em Pindamonhangaba;
- sediado em Ubatuba;
- sediado em Assis;
- sediado em Andradina;
- sediado em Presidente Prudente;
- sediado em Colina;
- sediado em Bauru;
- sediado em Brotas;
- sediado em Gália;
- sediado em Marília;
- sediado em Piracicaba;
- sediado em Tietê;
- sediado em Itapetininga;
- sediado em Adamantina;
- sediado em Pindorama;
- sediado em Monte Alegre do Sul;
- sediado de São Roque.